經過簡單的偵查後，林遠清和王祥雨受了臺灣軍的刺激，決定直接兵分三路，有海軍掩護，陸軍分別在山北、中山、南山登陸，之後海軍負責封鎖海路，防止倭國敗兵逃跑，如果他們逃到海上藏匿，襲擊商路就不好了，也是防止他們逃回鹿兒島向島津家報信。
三島是琉球的主要組成部分，大部分人口和官衙、前國都都在三山島，所以這是重點進攻目標；
薩摩藩留守的船隊沒有什麼大船，在說就是倭國主要的水師，也都是一些小船，他們的造船業並不發達；面對福建海軍的5000料戰船和四級風帆戰艦，那真是還沒靠近就被火炮剛給擊沉了，整個戰鬥就是一面倒的局勢，剛剛接觸沒有每多長時間，倭國船隻被全部擊沉。
戰艦開始對著岸上的炮臺和倭國軍隊進行炮擊，同時運兵船放下一些小船開始搶灘登陸，面多福建軍強悍的火力，島上的島津家兵馬不是有島津家將鎮守，恐怕已經崩潰了。
隨著陸軍的陸續登陸，開始向島內快速推進。
林遠清和王祥雨進攻的是那霸港，因為這裡是琉球王國的首都，薩摩藩在琉球主要的駐兵地，島津家樺山久高為總大將、平田增宗為副大將的300武士和2700兵士。
此二人就是當時進攻琉球王國的主將，後來俘虜了琉球國王尚寧，尚寧被帶到了鹿兒島逼迫簽下“掟十五條”，同時要求琉球尚寧王出具誓約，確定了琉球為薩摩之“附庸”。
後來尚寧死後，其繼子尚豐因年幼被擁立為新王。
樺山久高是島津家有名的家將，作戰頑強，手下的武士也多是心狠手辣之輩，所以抵抗非常的堅決，一度使林遠清的攻擊受挫；
林遠清看著進展緩慢的攻勢，馬上命令傳信兵去催促運送火炮，本來還想多抓點俘虜的，既然這麼不知好歹，那麼就給他們的厲害看看。
現在那霸港口已經完全被福建軍控制了，隨著林遠清的命令，陸軍的6磅和12磅炮很快被帶來上來，林遠清立即命令向倭國軍隊發起炮擊。
隨著火炮的轟擊，很快倭國的防線就被撕開了幾道口子；福建軍開始衝鋒，一波衝鋒直接就使得島津家軍隊全線崩潰，這也是燧發槍的優勢太大了，不但射程遠，射擊的速度也比較快；島津家的軍隊也裝備了一部分的火銃，但是差距有點太大了。
大批的島津家士兵開始投降，剩餘的一些頑固抵抗的都被射殺，最後樺山久高被俘，副將平田增宗戰亂中被射殺。
林遠清帶領大軍攻進首裡城，琉球國王尚豐帶領大臣出應，
“參見天使，多謝天使帶領天兵驅逐倭寇，壞我琉球安定，”
林遠清看著身前迎出來的琉球國王及國內大臣，說
“琉球王客氣了，我等奉總兵大人的命令剿滅倭寇，還琉球一個朗朗乾坤，要謝那也是謝我家總兵大人”
琉球王尚豐客氣的說
“勞煩這位將軍告知，你說的總兵大人是哪位，我也好向天朝皇帝陛下奏請感恩”
“我家大人就是現任朝廷的福建總兵黃煜黃大人，收到我們的報捷信，過段時間應該就會來首裡城，如果琉球王要謝到時當面謝我家大人吧”
“好，這位將軍這邊請，我已經安排人備下了酒席，給將軍好好的慶功，也給咱們的天兵準備了酒肉，”
最後林遠清沒有拒絕琉球王的邀請，也是為了讓琉球一眾人放心，好配合黃煜接掌琉球的計劃，這對於下一步進攻倭國能有一個穩固的後方基地很重要。但是飯是吃了，酒卻沒有喝，帶兵在外處於戰爭期間軍規是不能喝酒的，雖然他是領軍大將也不能違背。
士兵們經過一上午的戰鬥也需要休息，剛好可以吃點飯休息一下，雖然倭寇的主力已經被剿滅了，但是還是有少部逃走了，所以需要進行清理一遍，省的留下禍亂百姓。
林遠清和琉球王尚豐吃飯時，提出已經有一路兵馬去收回奄美諸島了，很快整個琉球就能全部收回，把倭寇全部剿滅，並且之後準備對倭國本土發起進攻。
尚豐非常吃驚，大明的水師好像不是太強，以前倭寇就常常襲擾大明沿海，現在怎麼突然變強了，不但原來琉球剿滅倭寇，更是要進攻倭國。雖然想不明白但是依然很高興，要是真能把倭國打服帖了，以後琉球就安全了，
“林將軍，既然天兵要攻打倭國，那我們琉球做些什麼，我們也希望能出一份力”
林遠清給他提到這件事，就是想讓琉球國王提供一些幫助的
“國王真是有心了，也不枉我們走這一遭；既然如此還真有點事需要你的幫助，”
“林將軍但有要求你儘管說，我們一定盡力去辦”
林遠清想了一下說
‘其實也不是什麼大事，兵員我武器裝備我們都有，現在就是想在奄美島建一個後勤基地，存放輜重，所以需要王國幫忙到時安排一批人幫忙建設，到時如果可能再給我們提供一批糧食’
尚豐還害怕林遠清讓他提供兵員或銀子呢，沒想到只是提供一塊已經被倭國佔據的土地，再派點民夫和糧食就行了，
“行，這個簡單，我馬上就下命令讓民夫前往奄美島，但是到時可能需要你們的戰船運送，我們的船都被倭寇搶走了”
本來林遠清也沒有提出過分的要求，再加上尚豐有意結交，事情的談的非常順利。
林遠清最後給首裡留下500士兵留守，其餘人員第二天啟程前往奄美，船隊一路向北在路上中山和北山的船隊陸續和主隊匯合，這兩處倭國駐守的兵更少，所以剿滅的更快。
大隊人馬一路北上，當天晚上抵達奄美島，發現奄美島已經被臺灣軍佔領了，當即安排船隊靠岸登陸。
林遠清和王祥雨上岸後，在碼頭上見到了章天雷和馮寶之，四人高興的相互見禮，這次進攻琉球的倭寇非常順利；現在第一階段計劃已經完成了，幾人自然十分高興。
幾人把士兵安頓好，就回到了臨時的指揮部，開始商量給黃煜寫信匯報戰況；
黃煜兩天後收到了軍隊已經完成琉球島全部清剿任務的報告，當即黃煜安排船隊帶上建築隊前往奄美。
黃煜沒有去首裡而是直接去了奄美島，他急著開展下一步計劃。
黃煜的船隊沒有休息，一路趕到奄美島；在島上黃煜見到了迎接他的軍隊主官林遠清、王祥雨、章天雷、馮寶之，在四人的陪同下簡單的視察了士兵的營地，還有正在建設的碼頭和物資倉庫。又安排自己帶來的建築隊，接管主要的建築工作，帶領民夫儘快完成建設。
幾人在中軍大營商量下一步計劃，因他們四人都缺少對倭國的瞭解，再加上前幾天擊敗島津家軍隊非常容易，導致他們都建議稍作修整後就直接進攻倭國本土；但是黃煜知道現在倭國處於江戶時代，國內局勢還算穩定，如果自己直接出兵，以現在的兵力不太可能全部佔領倭國，可能會被拖進戰爭的泥潭；
最後黃煜決定，先聯絡上顏思齊等人，他們待在倭國時間比較長，對倭國的局勢比較瞭解，一方面可以透過他了解倭國的局勢，另一方面可以把他拉攏到自己的戰船上。
所以黃煜命令，軍隊暫時協助建築隊修建碼頭和軍營及倉庫，等待下一步計劃；船隊留下王祥雨一部海軍警戒巡邏防備倭國戰船外，其餘船隊全部返回臺灣運物資，做好前期的準備。
又派張峰隨船前往平戶，去找顏思齊和楊天生等人，之後帶顏思齊來奄美島。
黃煜這段時間也沒有閒著，查閱手裡的資料想找到一些對自己有資訊，最後還真有些收穫，但是具體的還是需要和顏思齊確認一下。
果然沒有讓黃煜等太久，三天後的下午，張峰帶著顏思齊來到了奄美島。黃煜親自接見了顏思齊。
“好久不見顏兄，還真是辛苦你跑一趟啊”
顏思齊沒有託大，他知道黃煜對自己客氣，但是自己不能蹬鼻子上臉
“黃大人客氣了，不說我們的關係，就是你給我們提供的幫助，你但有所請我也必到啊，只是不知道此次黃大人邀我來此處所謂何事？”
黃煜沒有直接回答，而是反問到
“顏兄應該知道我們當前所在之地吧，”
顏思齊沒有猶豫直接說
“那當然，我顏思齊好歹也跑海多年，雖然不敢說去過所有海域，但是此地我肯定知道；前些年此地已經被島津家佔據，為什麼大人會來此地，更是邀我前來，下船時我都在疑惑”
“哈哈，既然你知道那就好說了，此地之前確實被島津家佔據，就在幾天前島上的島津家軍隊已經被我大明福建軍全殲；這次邀你前來也是年初時你去臺灣找我的事，你應該還記得吧”
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