朱棣率軍從北平出發時，姚廣孝把方孝孺託付給朱棣，說；“南京城攻下之日，他一定不投降，希望不要殺他。殺了方孝孺，天下的讀書種子就滅絕了。”朱棣點頭應承。
至此，朱棣想要方孝孺起草即位詔書。方孝孺被召到朝廷，悲切哀慟的聲息響遍大殿的臺上臺下。朱棣走下臥榻慰問他說：“先生不要自取憂苦，我的打算只是想要仿效周公輔佐成王的方式。”
方孝孺問：“周成王在哪裡？”
朱棣答：“他自焚而死。”
方孝孺又問：“為什麼不立成王的兒子？”
朱棣說：“國家有賴於成年的君王。”
方孝孺說：“為什麼不立成王的弟弟？”
朱棣答道：“這是我們朱家的事。”回頭示意左右侍者授予方孝孺紙筆，說道：“詔示天下，非得由先生您來起草不可。”
方孝孺把筆擲到地上，朱棣大怒：“你不怕我誅你九族麼。”
方孝孺冷笑回懟：“你誅我十族又如何。”
朱棣發怒，命令將方孝孺車裂於街市，因古人只有九族只說。於是朱棣連同方孝孺的門生子弟列為十族，一併誅殺。
朱慈烺知道崇禎皇帝的想法，替袁崇煥平反，就等於說是將崇禎皇帝一生的政績全部抹除了。這也就意味著，崇禎皇帝自登基以來所做所為都是錯的。
而這樣的後果是嚴重的，史書上很可能會給他留下一個昏君或者暴君的名聲。這對於素來注重聲譽的崇禎皇帝，是絕對無法接受的一件事。
“袁崇煥與毛文龍一案，絕無可能！你若是再敢胡言亂語，朕便把你關起來！”
同樣，崇禎皇帝也知道這個逆子膽大妄為。朱慈烺幹起混蛋事來，也是毫不含糊的。
即便知道兒子做的哪怕是對的，崇禎皇帝也絕不接受。他可以為了百姓為了大明忍讓，可是唯獨對於平反袁崇煥和毛文龍這件案子上，崇禎皇帝做不到。
毛文龍也就罷了，畢竟是袁崇煥斬殺他的。可是為袁崇煥平反，絕無可能。
朱慈烺也是個倔脾氣：“父皇，方孝孺仁宗皇帝不也是說過建文朝眾臣，已遭處決示眾。他們的家屬淪為官籍奴僕者，都釋放為民，發還他們田地。其外親戍邊者，只留下一人於戍守之處，其餘釋放還鄉麼。仁宗皇帝都肯撥亂反正成祖皇帝的詔令，父皇為何不肯。”
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