後來，農民就發現，一旦有人起燒，把牛筋草用水煮了便能治病。
而一旦發生瘟疫，百姓們就會去尋找這種牛筋草煮水，牛筋草全株都可以入藥，而且還能治療腦炎。
除了牛筋草，還有艾草。中草藥都是因地制宜，作為抗疫元勳的艾草也功不可沒。艾草是一種抗病毒抗菌的藥物，尤其對於呼吸系統疾病有著奇效。
除了其中幾位尋常的草藥，就是野菊花金銀花之類的，還有一種驢耳朵菜，也就是返魂草。這些草藥，對於防治瘟疫都有很好的作用。
既然朱慈烺作為防疫的主要負責人，他充分的調動了北京城所有能動用的力量。
三大營的將士全部隔離，任何人不得擅離軍營。因為這疫情一旦傳進軍中，京畿的防禦就報廢了。
有史學家堅持另外一種觀點，那就是為什麼黃臺吉攻不下的北京城。李自成來了，幾乎不費吹灰之力打了下來。
要知道，北京城有著世界上最強大的防禦。外城內城，據城而守。只要守住城牆，哪怕是外城丟了，以內城堅守。靜待各地勤王師北上，李自成必敗無疑。
有一種觀點認為，崇禎十六年的時候，京城爆發了一場極其嚴重的瘟疫。使得守衛京城的將士紛紛染病，整個京城死傷狼藉。
《明史·五行志》記載，崇禎十六年“京師大疫，自二月至九月”。駱養性在天津督理軍務，就提到崇禎十六年北京城的大疫情：昨年京師瘟疫大作，死亡枕藉...
原本駐京軍隊十萬人，瘟疫過後剩下不到一半。李自成打過來的時候，更是沒有多少人了。偌大的北京城，當時成了幾乎不設防的城鎮。
面對殺來的闖軍，守城官兵連一萬也湊不齊。守城兵士“鳩形鵠面”，“鞭一人起，另一人臥”，不是不愛國，實在是病的沒有了力氣。每五個城垛，才平均一個人。
所以，三大營萬萬不能動。趁著這次瘟疫尚未橫行，朱慈烺必須將它們撲滅在萌芽中。
西山玻璃廠被迫停產，原本那些石灰全被一車車的拉進了京城。在京城各處街道，尤其是流民聚集地，遍撒石灰消毒。
石灰石煅燒成生石灰，是消毒的最好原料。而皇宮更嚴，朱慈烺命令京城幾處燒酒作坊，如羅山縣一樣，釀製出來為數不多的一些酒精。
每次回宮，朱慈烺都命令自己身邊人，用酒精噴灑雙手消毒。包括宮裡的嬪妃、太監、宮女，甚至於崇禎皇帝自己，都得每天清早在太監的服侍下，淨手完了再噴灑一遍酒精。
羅山縣，秦郎中得知京城瘟疫的訊息，馬不停蹄的準備北上。紅娘子給準備了最好的一輛馬車，派了幾個手下護送。
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