崇禎九年，滿清進攻北京。周遇吉從尚書張鳳翼數血戰有功，連進二秩，為前鋒營副將。
後從孫應元等討賊河南，戰光山、固始，皆大捷。十一年班師，進秩受賚。
再破胡可受於淅川，降其全部。楊嗣昌出師襄陽，周遇吉從中官劉元斌往會。會張獻忠將至房縣，楊嗣昌策其必窺渡鄖灘，遣周遇吉扼守槐樹關，張一龍屯光化，賊遂不敢犯。
十二月，獻忠敗於興安，將走竹山、竹溪，周遇吉復以楊嗣昌令至石花街、草店扼其要害，賊自是盡入蜀。周遇吉乃從元斌駐荊門，專護獻陵。
又與孫應元等大破羅汝才於豐邑坪。又明年與黃得功追破賊鳳陽。已而旋師，敗他賊李青山於壽張，追至東平，殲滅幾盡，青山遂降。
如果說以上這些，只是周遇吉武將生涯的嶄露頭角。那麼接下來，才是他開掛的耀眼時刻。
當時黃臺吉繞道山海關，直取關內，在山東大肆劫掠。整個大明王朝的軍隊被摧枯拉朽，滿清勢如破竹。黃臺吉的大軍，直接打到了北京城下。
而大明沒有一支軍隊能夠與之抗衡，直到此時遇到了周雨具。周雨具在楊柳青曾經與清軍大戰三天三夜。
當時，清兵七萬餘眾從山東劫掠大量物資和青壯年人口經楊柳青北返關外，整個山東、河北兩省各地明軍或望風而逃，或撤兵讓路。
當時已接聖旨由楊柳青調往山西任總兵的周遇吉本已帶兵開拔，但他聽說清兵要過境楊柳青，遂率騎兵返回楊柳青，利用地形痛擊清軍，清軍死傷數千，創造了在明清交戰史上罕見的明軍以少勝多的戰例。
後周遇吉在山西也屢立戰功，古典崑曲大戲《寧武關》和京劇《寧武關》表現的就是周遇吉的戎馬一生，其中戲詞中曾多次提到周遇吉在楊柳青大敗清軍的輝煌戰績。
在諸路將領節節敗退，黃臺吉如入無人之境的時候，周遇吉帶兵血戰清軍。
可惜，此時的周遇吉手裡兵馬並不多。否則，黃臺吉非吃大虧不可。即便如此，周遇吉也有力地痛擊了清軍來犯。
崇禎十五年冬季，周遇吉接任山西總兵官，赴任之後，淘汰老弱殘兵，修繕兵器，加強練兵，積級備戰。
第二年冬季，李自成攻佔陝西，準備取道山西進攻北京，周遇吉與山西巡撫蔡懋德分別佈置河防，並向京師求援，但當時北京已無兵可調，僅是象徵性地派遣副將熊通率領二千士卒助戰，周遇吉留下熊通防守黃河之後，趕赴代州為北京建立阻擊防線。
崇禎十七年正月，平陽守將陳尚智投降李自成，勸降熊通，並讓他遊說周遇吉歸降。
周遇吉見到熊通後，怒斥道：“吾受國恩，豈可與你叛逆？！你統兵兩千，不去殺賊，為什麼反而要做說客？！”
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