二月七日，太原淪陷，原任山西巡撫蔡懋德自盡身亡。
李自成在太原休整八天之後，又攻取了忻州，進而急攻代州。周遇吉在代州堅守數天之後，糧盡援絕，率軍突圍後退保寧武關。
寧武關位於山西中部寧武是由太原北上大同的交通要道，明朝景泰年間建築關城，與偏關、雁門關一起成為防禦韃靼騎兵的山西三關之一，戰略地位極為重要。
奈何周遇吉兵力太少，以山西孤旅是無法與李自成數十萬大軍相抗衡，代州的失守只是時間問題。寧武關地勢險要，而流寇又志在必得，此次戰役進行得相當慘烈。
流寇因為在明軍火炮猛烈的轟擊傷亡較重，曾以“五日不降者屠其城”的宣傳攻勢希望迫使周遇吉投降，明軍火藥即將耗盡的時候，一些將領也曾勸說周遇吉改變策略不要一味硬拼，但被“一軍皆忠義”的周遇吉斷然拒絕。於是在城內設伏，出弱卒誘敵入城，亟下閘殺數千人。
由於周遇吉的頑強抵抗，李自成一度準備放棄攻取寧武關，但他手下的將領們一再堅持，流寇因而再次對寧武關發起了猛攻，在火炮的轟擊之下，關城不斷坍塌，流寇衝鋒的前隊戰死，後隊馬上跟進頂替，終於攻破寧武關。
流寇攻入關城之後，周遇吉繼續指揮巷戰，從戰馬上摔下來後又徒步奮戰不止，在身中數箭被流寇生擒後也仍然破口大罵不願屈服，流寇將周遇吉懸吊於高竿之上亂箭射死，然後又將屍體肢解。周遇吉的夫人劉氏帶領幾十名婦女拒守公廨，登上屋頂向流寇放箭，全部被流寇燒死。
城破之後，農民軍“遂屠寧武，嬰幼不遺”，百姓被殺者甚眾。
這就是歷史上的周遇吉，朱慈烺心中的大明忠烈。這樣的一個將才，不能就此被埋沒。
明末崇禎一朝，明軍幾乎是一觸即潰，周遇吉這可璀璨的將星無論在當時還是在歷史上均產生了深遠影響，李自成因此一度準備撤回陝西，流寇攻入北京之後，流寇們還在說：“若大明的主將都象周總兵那樣，我們如何能夠打到京城。”
大明官場腐敗，很多將領都是靠家庭背景和裙帶關係來取得職位，而周遇吉則是憑藉戰功，累功升遷成為的一代名將。
奈何崇禎不識英雄，若是多給周遇吉一些兵力，李自成斷然打不進北京城去。
李自成這一仗損失了數萬人，周遇吉抵抗的激烈程度可見一斑。流寇攻破關隘後，周遇吉與明軍展開了巷戰。
他一人一馬，馬瘸腿了，他摔下馬與流寇肉搏，格殺數十人。被擒住時還大罵不絕。李自成大怒，將他懸掛到高竿之上，命士兵亂箭齊發，後又被分屍。
這樣的將才，竟然率兩萬兵勇，硬生生的平定了山西境內的割據兵權。
仇正、趙四龍和王安這幾人坐擁雄兵百萬，竟然別隻帶了兩萬兵丁的周遇吉，一句殲滅。
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